Организуется это двумя отдельными платежами по одному заказу: первый при подтверждении, второй ссылкой перед доставкой. Никакой специальной механики не требуется, важно только связать их между собой в вашем учёте по номеру заказа. При отказе клиента вы возвращаете первую часть через тот же кабинет, что заметно чище, чем разбираться с наличными. Посмотрите Platega как платежный провайдер с этой стороны. И пропишите в договоре условия удержания при отказе, а также срок возврата: онлайн-возврат идёт несколько рабочих дней, и клиента об этом лучше предупредить сразу. И не оставляйте остаток наличными как запасной вариант, иначе половина клиентов выберет именно его и вы вернётесь к тому, с чего начали.